Le groupe s'est formé en 1989 et a changé de formation plusieurs fois. Tous les noms des membres du groupe originel ont été formés à partir du prénom d'une icône féminine américaine et du nom d'un tueur en série (règle non-respectée avec l'arrivée de Zim Zum en 1996, de John 5 en 1998 et de Tim Skold, qui a préféré garder son vrai nom). Ainsi, le nom de Marilyn Manson est une référence à Marilyn Monroe et à Charles Manson. Cette dualité belle/bête mise en évidence dans la construction des noms de scènes des membres a une signification forte dans la thématique du groupe Marilyn Manson, qui aime jouer sur la réconciliation des contradictions. En effet, Marilyn Manson cherche à concilier les deux opposés (le Bien et le Mal, l'ange et le démon) présents en chaque homme. Aussi, l'esthétique du groupe accentue-t-elle d'autant plus cette thématique : Manson, de même que l'ancien bassiste Twiggy Ramirez, ont cultivé leur allure androgyne de manière ostentatoire afin de provoquer un sentiment mêlé de peur et de désir.
En tant que groupe, Marilyn Manson apparut à Tampa Bay en Floride sous le nom Marilyn Manson & the Spooky Kids. C'est en 1992 que le groupe décida de s'appeler simplement Marilyn Manson sous les conseils de John Tovar, manager de l'époque. En assurant la première partie du groupe de rock indus Nine Inch Nails (NIN), Manson fait la rencontre de Trent Reznor, chanteur et leader de NIN. Cette rencontre sera décisive pour le groupe et son style musical. En effet, en 1993, Trent Reznor signera le groupe Marilyn Manson sur son ex-label Nothing Records jusqu'en 2003. Les activités de Nothing Records sont aujourd'hui en suspens suite à un conflit entre John Malm Jr et Trent Reznor, les deux gérants du label (ce premier ayant été condamné juridiquement à reverser 2.95 millions de dollars à Trent Reznor suite à des commissions impayées).
À l'instar de David Bowie, Marilyn Manson a associé à la création de chaque album un concept. Ce concept s'incarnant en un personnage auquel le chanteur s'identifie : l'Antéchrist pour l'album Antichrist Superstar ; lors de la sortie de Mechanical Animals, la pop-star décadente et extra-terrestre Omega ; quant à Holy Wood, il referme une sorte de trilogie inversée en présentant un être nommé Mercury. Pour The Golden Age of Grotesque c'est l'arch Dandy auquel Manson s'est identifié. Fin octobre 2006 sur le Jay Leno Show, on a pu voir Ginger Fish de nouveau derrière la batterie, ce qui signifie qu'il fait toujours partie du groupe malgré les rumeurs. Début 2007, c'est la stupeur, Manson nous annonce le départ de M.W Gacy pour, peut être, une histoire de droits d'auteur. Début 2008, il nous annonce un nouveau départ, celui de Tim Sköld, qui est remplacé par un ancien du groupe, Twiggy Ramirez
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